里面有些坑,写篇博客介绍一下。
R包clusterProfiler是生物信息分析汇总,基因富集分析可视化经常用到的R包,但是安装时,新手经常会遇到一些问题,这里简单总结一下。
看重点:正确的安装方式
官网:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html
在R中运行下面命令,安装即可:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler")
1. 在CRAN中用install.packages()安装
install.packages("clusterProfile")
安装报错:
> install.packages("clusterProfile") (因为‘lib’没有被指定) Warning in install.packages : package ‘clusterProfile’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages >
报错原因,因为clusterProfile不在CRAN中,所以不能通过install.packages进行安装。
2. 安装bioconductor报错
有时候,知道在bioconductor中,于是还是安装:
install.packages("bioconductor")
报错如下:
> install.packages("bioconductor") (因为‘lib’没有被指定) Warning in install.packages : package ‘bioconductor’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
3. 正确而顺利的安装方法
3.1 安装最新版R
目前是4.2.1,因为R4.2之前的clusterProfiler有bug,kegg联网会报错,新版本没有问题了。
3.2 安装Rtools4.2
这是单机软件,地址:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/rtools.html
3.3 配置镜像
在Rstudio中,将下载镜像变为中国的,下载速度会快很多。
3.4 正式安装
在Rstudio中运行安装代码:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler")
这中间会安装许多依赖包,如果有某个包安装报错了,就单独安装那个包,安装成功后,在运行安装clusterProfiler的代码。
4. 配置建议
- R最新版的R4.2.1
- 安装Rtools(windows系统建议)
- 安装路径不要有中文路径
- 如果电脑用户名是中文的,建议新建一个英文用户名,然后登录安装
- 配置镜像,提升安装速度
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